El tratamiento quirúrgico puede ser paliativo o corrector. La cirugía paliativa es básicamente funcional y salvo en algunas excepciones como la ampliación del tracto de salida de ventrículo derecho (VD), no se actúa sobre el defecto anatómico, sino que se crean otro tipo de lesiones como fístulas sistémico-pulmonares, estenosis pulmonares iatrogénicas, o creación de defectos intracardiacos.
La cirugía correctora actúa sobre el defecto existente corrigiéndolo. Puede ser corrector total a largo plazo, anulando de forma definitiva la malformación, lo que permite un total y normal desarrollo del niño, o corrector paliativo, grupo en el que aún hay que incluir gran numero de cardiopatías. En él se realiza la interposición o implantación de injertos protésicos, conductos valvulados, válvulas cardiacas, etc. que tienen un tiempo de caducidad y que hacen que el paciente sea tributario a reintervención posterior para el reemplazo.
El empleo de cirugía paliativa o correctora depende de diversos factores como la edad, anatomía, peso, etc. A pesar de que actualmente la tendencia es la corrección temprana de la cardiopatía pueden existir contraindicaciones tanto absolutas (anatomía), como relativas (edad o peso), que indiquen la cirugía paliativa como la mejor alternativa.
Las técnicas quirúrgicas paliativas usadas están en relación con la fisiopatología de la cardiopatía, de manera que cardiopatías que cursan con isquemia pulmonar la cirugía esta encaminada a proporcionar un flujo pulmonar adecuado, mediante la creación de fístulas sistémico-pulmonares con material sintético, anastomosis cavo-pulmonar o bien la ampliación del tracto de salida de VD. La elección de una u otra técnica dependerá de la anatomía, tipo de cardiopatía o de la experiencia del grupo quirúrgico.