El diagnóstico se basa en los síntomas referidos por el paciente y en la inspección del ano, apreciando generalmente una fisura dolorosa, única y localizada en la línea posterior.

La fisura aguda es superficial, con los bordes finos y limpios. En la fase crónica (6 o más semanas) la fisura es profunda, con los bordes engrosados y duros, y se ven en su base las fibras musculares del esfínter anal interno. Frecuentemente, la fisura crónica se asocia a un pliegue cutáneo endurecido (hemorroide centinela).

Ante una fisura anal en una localización anómala o que presente una sintomatología atípica es preceptiva la realización de pruebas que descarten otras posibles causas, entre otras, colonoscopia para descartar enfermedad inflamatoria intestinal, cultivo microbiológico de la lesión para las infecciones o biopsia si se sospecha cáncer anal.