La diarrea crónica es más difícil de diagnosticar porque las causas pueden ser muy variadas:

• El síndrome del intestino irritable es la causa más frecuen­te de diarrea crónica. Suele presentarse de forma intermitente y su diagnóstico es de exclusión, debiéndose descartar otras causas de diarrea
• La intolerancia a la lactosa es también muy frecuente, calculándose que en nuestro medio entre el 10 y el 15% de la población tiene intolerancia parcial a la lactosa
• También las infecciones intestinales pueden ser causa de diarrea crónica, especialmente las debidas a parásitos
• La enfermedad inflamatoria intestinal se acompaña en muchas ocasiones de diarrea, habitualmente acompañada de sangre en las heces
• Las enfermedades que producen mala absorción de nutrientes también se acompañan de diarrea crónica, como en los pacientes que tienen una enfermedad celíaca
• El cáncer de colon, en determinados pacientes, puede acompañarse de diarrea crónica
• La colitis microscópica es una enfermedad del colon en la que, pese a que el aspecto en la endoscopia es normal, las biopsias detectan una importante inflamación que produce diarrea crónica
• Otras causas menos frecuentes son las diarreas que acompañan a otras enfermedades endocrinas, las debidas a fármacos o a aditivos alimentarios, o las producida por isquemia intestinal