El síntoma cardinal de la fisura anal es la aparición de un dolor muy intenso, agudo y de carácter cortante, asociado a la defecación y que persiste tras ésta (desde minutos hasta varias horas).

Es frecuente la presencia de escasa sangre de color "rojo vivo" que impregna el papel higiénico, escozor anal y manchado de moco transparente o amarillento.