Después de un correcto estudio para determinar la causa y la severidad de la incontinencia anal, se indicará el tratamiento más adecuado.

En los casos más leves, suele controlarse con recomendaciones dietéticas y medicación astringente.

En los casos más severos en los que no se ha demostrado un defecto de la musculatura esfinteriana el tratamiento de elección es el "biofeedback" o rehabilitación anal que consigue mejorar la sensibilidad rectal (notar cuándo el recto está listo para evacuar las heces) y fortalecer los músculos esfinterianos.

Cuando se demuestra un defecto o lesión de los esfínteres, la mejor opción es la reparación quirúrgica o esfinteroplastia, que consiste en juntar y coser de nuevo los extremos de los músculos anales lesionados para restablecer el anillo muscular esfinteriano.

Años atrás, cuando estos tratamientos fracasaban, el paciente se veía abocado o bien a seguir incontinente o bien a llevar una colostomía ("ano contra-natura"). Sin embargo, en la actualidad se disponen de técnicas avanzadas y sofisticadas para evitarlo como son el esfínter anal artificial y la estimulación de raíces sacras.

El esfínter anal artificial es una dispositivo que sustituye la función de los esfínteres anales. Consta de tres componentes de silicona conectados entre sí: un manguito hinchable que rodea el canal anal, un balón regulador de presión y una bomba de control. Mediante su manipulación, el manguito "abre" o "cierra" el ano para evacuar o mantener la continencia respectivamente.

La estimulación de raíces sacras actúa como un marcapasos que modula las conexiones nerviosas que controlan el funcionamiento del recto y los esfínteres, consiguiendo una importante mejoría de la continencia (reducción del 75% episodios de incontinencia).